继美国和英国之后，日本也以反恐为名，对入境的外籍人士进行指纹备案。从2007年11月20日起，进入日本国境的外籍人士，都需要将自己的指纹在日本海关部门进行备案，并拍照存档。对于拒不合作的外籍人士，日本方面将认定其为有恐怖嫌疑，并拒绝其入境请求。
在美国遭到9·11恐怖袭击后，美国移民部门开始采取让入境的外国公民留下指纹备案及拍照存档的措施，以便美国安全部门能够更有效的杜绝恐怖时间的发生。日前，日本也继美国之后，开始采取指纹备案及拍照存档的入境措施，但在具体的实施要求上，日本方面的规定则远比美国严格的多。
日本移民部门规定，除其他国家驻日外交官、16岁一下的儿童、某些移民日本的朝鲜朝鲜裔和华裔外，其他进入日本国境的外籍人士都需要进行指纹及照相备案。在这样的规定下，不但赴日旅游及临时入境的外籍人士，连常居日本或已在日本居住多年的外籍人士，都需要在每次入境时重复接受这套规程。
另外，日本移民部门所采集的外籍人士信息，并不独立使用在出入境管理方面，而是与警方及其他政府部门共享。
在日本移民部门采取这一措施后，引起了各方面的普遍不满。
目前，日本境内的常驻外籍人士有200万之多，其中的40%拥有在日本的永久居住权。对此，国际人权组织表示，日本针对外籍人士进行特别管制，只要求非日本公民提供个人资料，明显属于一种歧视行为，相当于将外籍人士与恐怖分子划上等号。
日本居住的外国公民，在接受媒体采访时说，这种做法让长期在日本居住的外国人的感情受到了伤害，事实上，在日外籍人士的犯罪率并不高，而由外国人引起的恐怖事件更是从未有过，倒是日本本国人中有很多恐怖分子。
日本的旅游机构也对这一措施表示了担忧，担心会有许多旅客因此放弃到日本旅游的计划。近几年，日本一直在努力发展自己的旅游业，希望能够吸引更多的外国游客，促进日本本地经济的发展。然而，新举措的出台很可能让部分对此不满的旅客，选择不再到日本旅游。